在〈第一個 Servlet〉中曾簡介過 Web 應用程式目錄架構，這邊再作個詳細的說明。
一個 Web 應用程式基本上會由以下項目所組成：
- 靜態資源（HTML、圖片、聲音等）
- Servlet
- JSP
- 自定義類別
- 工具類別
- 部署描述檔（web.xml等）、設定資訊（Annotation等）
Web 應用程式存在既定的目錄結構。舉例來說，如果一個應用程式的環境路徑（Context path）是 /openhome，則所有的資源項目必須以 /openhome 為根目錄依一定的結構擺放。基本上根目錄中的資源可以直接下載，例如若 index.html 位在 /openhome 下，則可以直接以 /openhome/index.html 來取得。
Web 應用程式存在一個特殊的 /WEB-INF 目錄，此目錄中存在的 資源項目不會被列入應用程式根目錄中可直接存取的項目，也就是說，客戶端（例如瀏覽器）不可以直接請求 /WEB-INF 中的資源（直接在網址上指明存取 /WEB-INF），否則就是 404 Not Found 的錯誤結果。
WEB-INF中的資源項目有著一定的名稱與結構。例如：
- /WEB-INF/web.xml 是部署描述檔
- /WEB-INF/classes 用來放置應用程式所用到的自定義類別（.class），必須包括套件（Package）結構
- /WEB-INF/lib 用來放置應用程式所用到的 JAR（Java ARchive）檔案
Web 應用程式所用到的JAR檔案，當中可以放置 Servlet、JSP、自定義類別、工具類別、部署描述檔等，應用程式的類別載入器可以從 JAR 中載入對應的資源。
你可以在 JAR 檔案的 /META-INF/resources 目錄中放置靜態資源或 JSP 等，例如若在 /META-INF/resources 中放個 index.html，若請求的 URL 中包括 /openhome/index.html，但實際上 /openhome 根目錄底下不存在 index.html，則 JAR 中的 /META- INF/resources/index.html 會被使用。
如果你要到用到某個類別，則 Web 應用程式會到 /WEB-INF/classes 中試著載入類別，若無，再試著從 /WEB-INF/lib 的 JAR 檔案中尋找類別檔案（若還沒有找到，則會到容器實作本身存放類別或 JAR 的目錄中尋找，但位置視實作廠商而有所不同）。
客戶端不可以直接請求 /WEB-INF 中的資源，但你可以透過程式面的控管，讓程式來取得 /WEB-INF 中的資源，像是使用 ServletContext 的 getResource() 與 getResourceAsStream()，或是透過 RequestDispatcher 請求調派。
如果對 Web 應用程式的 URL 最後是以 / 結尾，而且確實存在該目錄，則 Web 容器必須傳回該目錄下的歡迎頁面, 你可以在部署描述檔 web.xml 中包括以下的定義，指出可用的歡迎頁面名稱為何，Web 容器會依序看看是否有對應的檔案存在，如果有則傳回給客戶端：
<welcome-file-list>
<welcome-file>index.html</welcome-file>
<welcome-file>default.jsp</welcome-file>
</welcome-file-list>
如果找不到以上的檔案，則會嘗試至 JAR 的 /META-INF/resources 中尋找已置放的資源頁面。如果 URL 最後是以 / 結尾，但不存在該目錄，則會使用預設 Servlet（如果有定義的話，參考〈URL 模式〉中的說明）。
整個 Web 應用程式可以被封裝為一個 WAR（Web ARchive）檔案，例如 openhome.war，以便部署至 Web 容器。