JSP 網頁中可以在 <% 與 %> 之間直接使用 Java 語法撰寫程式，所以可以在當中使用 Java 的註解方式來撰寫註解文件，也就是可以使用 // 或是 /* 與 */ 來撰寫註解。例如：
<%
// 單行註解
out.println("隨便顯示一段文字");
/* 多行註解 */
%>
在轉譯為 Servlet 原始碼之後，<% 與 %> 之間設定的註解，在 Servlet 原始碼中對應的位置也會有對應的註解文字。若你想觀察 JSP 轉換為 Servlet 後的某段特定原始碼，可以使用這種註解方式來當作一種標記，方便你直接看到轉換後的程式碼位於哪一行。
另一個是網頁設計人員所使用的註解方式 <!-- 與 -->。嚴格說來這並不是 JSP 的註解，而是 HTML 註解。例如這段網頁中的註解：
<!-- 網頁註解 -->
在轉譯為 Servlet 之後，只是產生這樣的一行陳述句：
out.write("<!-- 網頁註解 -->");
所以這個註解文字，也會輸出至瀏覽器成為 HTML 註解，在檢視 HTML 原始碼時，也就可以看到註解文字。
JSP 有一個專用的註解，即 <%-- 與 --%>。例如：
<%-- JSP 註解 -->
容器在轉譯 JSP 至 Servlet 時，會忽略 <%-- 與 --%> 之間包括的文字，生成的 Servlet 中不會包括註解文字，也不會輸出至瀏覽器。