JPQL所提供的查詢語法主要分為三類：
- 查詢用的 SELECT 語法
- 更新用的 UPDATE 語法
- 刪除用的 DELETE 語法
SELECT 語法結構由幾個部份組成：
SELECT 子句 FROM 字句 [WHERE 子句] [GROUP BY 子句] [HAVING 子句] [ORDER BY 子句]
一個基本的 SELECT 語句如下所示：
SELECT u.id, u.name FROM User u WHERE u.age > 10 AND u.age < 20
其中User u是個路徑表示（path expression），路徑表示有三種：範圍變數（Range variable）路徑表示、群集成員（Collection member）路徑表示與關聯導覽（Association traversing）表示。User u是範圍變數路徑表示的一個例子，指定查詢的實體為User與別名為u。
一個群集成員路徑表示用來指定物件中的群集成員，例如：
SELECT u FROM User u, IN(u.emails) e WHERE e.address LIKE '%.%@openhome.cc'
其中IN中指定的，就是群集成員路徑表示，而>、<、AND、IN、LIKE等都是WHERE子句中條件表示式，簡單列出一些條件表示式如下：
| 比較陳述 | =、>、>=、<、<=、<> |
| BETWEEN 陳述 | [NOT BETWEEN |
| LIKE 陳述 | [NOT] LIKE |
| IN 陳述 | [NOT] IN |
| NULL 陳述 | IS [NOT] NULL |
| EMPTY 陳述 | IS [NOT] EMPTY |
| EXISTS 陳述 | [NOT] EXISTS |
LIKE中，可以用_表示比對單一字元，用%表示比對任意數目字元。
關聯導覽表示則提供SQL語法中JOIN的功能，包括了INNER JOIN、LEFT OUTER JOIN、FETCH等，以下為INNER JOIN的實際例子：
SELECT u FROM User u INNER JOIN u.emails e WHERE e.address LIKE '%.%@openhome.cc'
JOIN關鍵字可以省略，上式等同於：
SELECT u FROM User u JOIN u.emails e WHERE e.address LIKE '%.%@openhome.cc'
LEFT OUTER JOIN的OUTER關鍵字可以省略，一個例子如下：
SELECT u FROM User u LEFT JOIN u.emails e WHERE e.address LIKE '%.%@openhome.cc'
在作INNER JOIN、LEFT OUTER JOIN可以加上FETCH關鍵字，以預先擷取相關資料，例如：
SELECT u FROM User u LEFT JOIN FETCH u.emails e WHERE e.address LIKE '%.%@openhome.cc'
SELECT中可以使用聚集函式，例如：
SELECT AVG(u.age) FROM User u
SELECT中可以使用建構表示，直接將一些資料封裝為指定的物件，例如：
SELECT NEW SomeObject(u.id, u.name, o.number) FROM User u JOIN Order o WHERE u.id = 1975
WHERE子句中可以使用LENGTH()、LOWER()、UPPER()、SUBSTRING()等JPQL函式。
可以對查詢結果使用ORDER BY進行排序：
SELECT u FROM User u ORDER BY u.age
ORDER預設是ASC昇冪排序，可使用DESC降冪排序：
SELECT u FROM User u ORDER BY u.age DESC
可同時指定兩個以上的排序方式，例如先按照"age"降冪排序，如果"age"相同，則按照"name"昇冪排列：
SELECT u FROM User u ORDER BY u.age DESC, u.name
可以配合GROUP BY子句，自動將指定的欄位依相同的內容群組，例如依欄位"sex"分組並作平均：
SELECT u.sex, AVG(u.age) FROM User u GROUP BY u.sex
GROUP BY通常搭配HAVING來使用，例如：
SELECT u.sex, avg(u.age) FROM User u GROUP BY u.sex HAVING AVG(u.age) > 20
可以使用UPDATE語法來更新資料，例如：
UPDATE User u SET u.name='momor' WHERE
u.name='bbb'
可以透過DELETE來刪除資料，例如：
DELETE User u WHERE u.name='bush'
更多JPQL的介紹，可以參考 The Java Persistence Query Language。